Достаточно большое количество организаций не хотят иметь дело с поставщиками, которые не уплачивают НДС. Им это экономически невыгодно.

В этом случае некоторые предприниматели идут на риск и выставляют таким покупателям счета-фактуры с выделенным в них НДС.
Согласно пункту 5 статьи 173 НК РФ, если налогоплательщик, который не должен начислять НДС, выставит покупателю счет-фактуру с выделенным НДС, то сумму налога он должен перечислить в бюджет. При этом рассчитывать на уменьшение платежа на сумму входного налога он не имеет права.
Если предприниматель выставит подобный счет-фактуру, то ему придется также представлять в налоговую инспекцию налоговую декларацию по НДС. При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров, работ или услуг.
Сумму «незаконно» начисленного НДС предприниматель должен включить себе в доходы, и соответственно такая сумма НДС еще раз будет обложена налогом. ВАС РФ в Определении № ВАС-17472/08 решил, что нет. Судьи указали, что, согласно статье 41 НК РФ, доходом может признаваться только экономическая выгода. А какая может быть выгода в налоге, который все равно полностью должен быть перечислен в бюджет.
Решение ВАС РФ означает только то, что если предприниматель обратится в суд по данному вопросу, то решение вынесут в его пользу. Что касается налоговиков, то они не так часто воспринимают подобные судебные решения и упрямо гнут свою линию, рассчитывая, очевидно, на то, что далеко не все налогоплательщики решатся обратиться в суд.
Зеркальная проблема появляется у налогоплательщика, который такой счет-фактуру получит. Нет возможности принятия к вычету НДС, предъявленного по товарам, реализация которых НДС не облагается.
В пункте 2 статьи 169 НК РФ установлено, что счета-фактуры, составленные и выставленные с нарушением установленного порядка, не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм НДС к вычету или возмещению.
В соответствии с пунктом 5 статьи 168 НК РФ при реализации товаров, работ или услуг, операции по реализации которых не подлежат налогообложению НДС, счета-фактуры выставляются без выделения соответствующих сумм налога.
Это означает, что счет-фактура с выделенным НДС тогда, когда никакого налога там быть не должно, не может считаться правильно составленным. Это и является основанием для отказа.
Однако многие арбитражные суды не признают такую логику, а подходят к вопросу с другой стороны.
Они полагают, что если законодательство требует уплаты даже неправомерно начисленного НДС в бюджет, то у покупателя должно быть право на вычет этого налога. Ведь источник для возмещения в бюджете как раз таки появляется. При этом налогоплательщик-покупатель вообще не обязан проверять, имел продавец право выставлять счет-фактуру с НДС или нет. Такие обязанности законодательством на него не возложены.
ВАС РФ в Определении № ВАС-10964/09 пришел к выводу, что налогоплательщик, получивший счет-фактуру с НДС, даже если она выставлена лицом, которое не должно начислять НДС, имеет полное право предъявить выставленный ему НДС к вычету из бюджета в общеустановленном порядке.
Судьи учли зеркальность НДС: если один налогоплательщик уплачивает сумму налога в бюджет, то другой, которому была предъявлена эта сумма налога поставщиком, в общем случае получает право на вычет.
Так что и этот вопрос решается в пользу налогоплательщиков, хотя также через суд.